Cotonete nasofaríngeo apresentam algumas vantagens em relação ao swab orofaríngeo:

1. O swab nasofaríngeo pode permanecer na faringe por um longo período para obter mais amostras, e é por isso que a taxa positiva do swab nasofaríngeo é maior do que a do swab orofaríngeo.
2. O risco de exposição do coletor de amostra de swab nasofaríngeo é menor do que o do swab orofaríngeo, pois podemos ficar atrás do paciente durante a coleta e exigir que ele abaixe a máscara para expor apenas as narinas e cobrir a boca, sem a necessidade de olhar diretamente para a cavidade oral do paciente. Quase não há reflexo faríngeo com o swab nasofaríngeo; alguns pacientes podem apresentar reflexo de espirro após a coleta, e o paciente pode ser coberto com cotovelos ou toalhas de papel, e o coletor não fica diretamente à sua frente. O risco de exposição do swab nasofaríngeo é relativamente menor, reduzindo a pressão psicológica dos coletores.

A desvantagem do swab nasofaríngeo é que os pacientes com swab oral e faríngeo têm maior medo psicológico, e os coletores têm mais treinamento profissional.

Seja para coletar swab nasofaríngeo ou swab orofaríngeo, a profundidade da coleta e a duração do contato com a mucosa são os pontos-chave Se o swab nasofaríngeo não for coletado nas profundezas da cavidade nasofaríngea, o paciente apresentará uma forte reação de vômito ao coletar o swab orofaríngeo, o que leva a um tempo de coleta insuficiente. Nesse momento, a maioria das células que podem ser coletadas são células livres de vírus, o que pode causar "falso negativo". Essa também pode ser uma das razões pelas quais pacientes com teste de ácido nucleico negativo apresentam ácido nucleico positivo novamente durante o reexame. Em um estudo chinês, os métodos NPA e OPS foram comparados, e a literatura sobre amostragem respiratória de SARS, MERS e H1N1 foi revisada, e concluiu-se que, entre todos os métodos de amostragem do trato respiratório superior, o swab nasofaríngeo e o swab orofaríngeo (NS+OPS) foram os menos prejudiciais à equipe médica.